В год 300-летия Санкт-Петербурга Ученым советом СПбГПУ учреждена медаль «Лучшему выпускнику СПбГПУ», которая начиная с 2003 года присуждается выпускникам, имеющим средний балл за все время обучения - 5.0. За прошедшие четыре года лучшим выпускникам ФМФ вручены 29 медалей. 1-е место занимает кафедра "Механика и процессы управления" - 9 медалей.

За прошедшие четыре года лучшим выпускникам ФМФ вручены 29 медалей. По кафедрам ФМФ лучшие выпускники 2003-2007 гг. распределены следующим образом:
- каф. “Механика и процессы управления” – 9 медалей;
- каф. “Экспериментальная ядерная физика” – 6 медалей;
- каф. “Экспериментальная физика” – 5 медалей;
- каф. “Биофизика” – 3 медали;
- каф. “Прикладная математика” – 3 медали;
- каф. “Гидроаэродинамика” – 2 медали;
- Каф. "Физика металлов и компьютерные технологии в материаловедении" - 1 медаль.