В год 300-летия Санкт-Петербурга Ученым советом СПбГПУ учреждена медаль "Лучшему выпускнику СПбГПУ", которая с 2003 года присуждается выпускникам, имеющим в приложении к диплому средний балл за все время обучения - 5.0.
В 2011 году в СПбГПУ медалями "Лучшему выпускнику СПбГПУ" награждены 6 выпускников-магистров ФМФ.
Всего за 2003-2011 гг. "золотым" выпускникам ФизМеха вручено 59 медалей. Среди кафедр ФизМеха по числу "золотых" выпускников лидируют:
- каф. "Механика и процессы управления" - 21 выпускник-медалист,
- каф. "Прикладная математика" - 10 выпускников-медалистов,
- каф. "Экспериментальная ядерная физика" - 8 выпускников-медалистов.

"Золотые медалисты" - выпускники ФМФ в 2011 году:
Каф. "Механика и процессы управления" - Арсеньев Илья Дмитриевич;
Каф. "Прикладная математика" - Родионова Ольга Петровна;
Каф. "Биофизика" - Сабанцев Антон Владимирович;
В 2011 году впервые состоялся выпуск магистров на кафедре "Теоретическая механика" и среди выпускников 3 медалиста (примечательно, что все "золотые медалисты" каф. "Теоретическая механика" закончили бакалавриат по каф. "Механика и процессы управления"):
- Двас Николай Григорьевич;
- Кударова Асия Муратовна;
- Подольская Екатерина Александровна.
Среди кафедр ФизМеха лучшие выпускники ФМФ в 2003-2011 гг. распределены следующим образом:
- каф. “Механика и процессы управления” – 21 медаль;
- каф. “Прикладная математика” – 10 медалей;
- каф. “Экспериментальная ядерная физика” – 8 медалей;
- каф. “Биофизика” – 6 медалей;
- каф. “Экспериментальная физика” – 6 медалей;
- каф. “Гидроаэродинамика” – 4 медали;
- каф. "Теоретическая механика" – 3 медали;
- каф. "Физика прочности и пластичности материалов" – 1 медаль.